HE染色，即是苏木精-伊红染色法，是形态学最常用的染色方法，在质量较佳的HE染色切片上，各种组织或细胞的一般形态结特点都可以观察到。苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核糖体着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。
 

 
[操作流程]
1.将石蜡切片置于烘箱中60℃烤1～2h；
2.石蜡切片常规二甲苯，乙醇脱蜡至水，
3.苏木素染10分钟，
4.流水冲洗，去余色，
5.0.7%盐酸乙醇分化数秒钟，
6.流水冲洗，切片变蓝约15分钟，
7.95%乙醇30秒钟，
8.酒精性伊红染30秒，
9.I 95%乙醇30秒钟，
10.II 95%乙醇30秒钟，
11.I 100%乙醇30秒钟，
12.II100%乙醇30秒钟，
13.石碳酸二甲苯30秒钟，（1： 4石碳酸1-二甲苯4）
14.I二甲苯30秒钟，
15.II二甲苯30秒钟，
16.中性树胶封片。
 
[实验结果]：
镜下观察细胞核呈蓝色；细胞浆一般呈红色；胶原纤维呈不同程度的红色，红细胞呈亮红色；粘蛋白呈浅蓝色；钙化组织呈深蓝色等。
 
[实验中可能出现的问题及解决方案]：
1.细胞核染色苍白，暗淡
原因:此类问题可能有3个影响因素,切片在苏木精染色液停留时间太短；苏木精染色液过度氧化,失去染色能力,不能再继续使用；分化步骤处理时间过长。
对策:切片重新染色。适当延长苏木素染色的时间；更换苏木素染液；缩短分化时间。可以通过镜下观察来摸索染色和分化时间。
2.细胞核过染,即细胞核的蓝色太深,与周围细胞核连成一片，轮廓不清晰
原因:此类问题可能有3个影响因素,即切片在苏木精染色液停留过长、切片太厚、分化步骤时间太短。
对策:对切片进行脱色、漂白、重新染色,结合镜下观察对染色和分化时间做些适当的调整。如果确定是由于切片太厚导致的细胞核过染,则需要重新切片。
3. 伊红着色淡
原因:可能是伊红溶液旧，失去了染色能力；或经伊红染色后在乙醇脱水时间过长。
对策:对切片进行脱色、漂白、重新染色,结合镜下观察对染色和分化时间做些适当的调整。如果确定是由于切片太厚导致的细胞核过染,则需要重新切片。